オーソドックス且つ既に古いとも言えるコンボかもしれませんが、
最近これが面白くて仕方無いので色々試用してみました。
初手から逃げを打つようですが、全て俺の主観です。

1. 一般的と思われる撃ち方
   垂直ミサを扇形に撃ち、ＨＩＴを見届けるまでに自機の向きを真っ直ぐにする。
   その後、Ｌミサを発射。
   例外もあるが、大抵垂直ミサＨＩＴ時の機体硬直中にＬミサがＨＩＴする。
   理想なのは空中でＬミサ含む全ミサイルが当たっており、かつＬミサＨＩＴ時点で相手がドッスンになっている事。
   右手武器もぶち込める。
   垂直ミサは３〜４発程度撃つのが安全かつ痛いと思う。
   
   
2. 垂直ミサを２発程度撃ち、回避行動終了直後にＬミサがＨＩＴしてくれるようなタイミングで撃つ。
   垂直ミサ回避終了直後、地面に着地（ドッスンではない）するような相手に有効だと思う。
   ただ、相手が回避に長けている…というか常に着地後直ぐに最高速を出す技（凪）を使用している相手には通用しない。
   更に、大きく動いて回避された場合、自機が正面に向いている可能性も低いためＬミサＨＩＴ確率が下がる。
   
   
3. 垂直ミサを１発ずつ、時には２発ずつ連射し、急にＬミサを撃ってみる。
   垂直ミサを左右に振って撃ってやると、意外にＬミサに当たってくれる。
   勿論、この場合もＬミサ発射時は自機が正面に向いている事。
   

いずれも相手との距離を常に保てる技術がなければ通用しないと思います。
１番が一番威力的に良いですがこれは垂直ミサのＨＩＴが前提となっているため、ミサイル回避が上手い人には工夫を凝らさないと意味を成しませんね。
２、３番は垂直ミサイルがいわば撒き餌なので、火力的な不安が出ることもあります。
１番コンボのねらい目は、
相手がショートレンジの間合いからミドルレンジの間合いまで離れていく際（近→中になる瞬間あたり）にやると良いと思います。
２、３番は攻めてこない相手に対してやるとなかなか。

追記

厳密にはコンボでは無いのですが、俺が考え、実践してみたミサイル技術論として。
中級者以上となると、単に「撃っただけ」のミサイルは弾の無駄ですよね。当たらないですし。
中級者でさえそうなのだから、上級者ともなると最早ミサイル自体に耐性があるとしか思えない事もしばしば。
だから、当てるために技術が必要となってきます。
最も、俺も大して上手くもないのですが。

前述した３番のミサイルコンボ、あれは結構発展します。
例えば垂直ミサを撃つモードの時、一定間隔で撃ったり、わざと不一定で撃ったり。
また、垂直ミサを撃った後にLミサを撃たず一歩踏み込んで右手武器を発射したり、
上記を行い相手に「垂直ミサフェイントLミサ」があるという事を刷り込んでおいていきなりLミサを単品で撃ってみたりと。
（勿論相手との距離が遠すぎると回避が充分に間に合ってしまうためフェイントの意味がありませんが）
例外的なものとして、例えば同じ機体で３連戦するとします。
１、２戦目は相手も開幕に何か仕掛けてくる可能性を考慮しているのであえて何もしません。
あえて言うなら開幕直後、距離をとります。
が、３戦目は開幕直後にLミサを撃ちます。
油断していれば当たることでしょう、多分（ぉ

中級者以上の方に当てるための一つの技術として、
「意表を突く」をいうことを考えました。その例が上記です。
これらは全てミサイルを２種装備してる場合に限った話ですが、
他のミサイルの組み合わせでも充分応用できると思います。
どれも奇襲的なので２回目以降は効果が薄くなる恐れもありますが、
大量のフェイントメニューを持つことにより、かなりの重圧を与えられると思います。
以上、追記でした。